Oriundo de família mineira, nasceu em Alagoinha, BA, em 17 de Outubro e 1881. Formou-se pela Faculdade de Medicina do Rio de Janeiro em 1903. Transferiu-se para Campinas em 1910 onde fundou, em 1920, o Instituto Oftálmico de Campinas, mais tarde denominado Penido Burnier, um afamado centro médico de oftalmologia e otorrinolaringologia. Em 1923 e 1925 visitou as principais clínicas oftalmológicas européias. Promoveu em seu serviço o amplo conhecimento da doença denominada “tracoma”, então bem disseminada no país. Além da tese de doutorado, intitulada Simpatectomia no Tratamento do Glaucoma, publicou, só, ou em colaboração com seus assistentes no Instituto, numerosos trabalhos, muito originais, quase todos insertos nos 18 volumes dos Arquivos do Instituto Penido Burnier.
Vereador da Câmara Municipal de Campinas, possuidor de muitos títulos honoríficos, recebeu do governo francês a medalha da “Anté Publique de France” e teve seu nome inscrito na Ordem Nacional do Mérito Médico do Brasil, e no livro do Mérito da Cidade de Campinas. Declarado por atos oficiais das respectivas Câmaras Municipais cidadão paulistano (1967) e cidadão campineiro, membro honorário da Academia Nacional de Medicina, pertenceu a várias sociedades científicas nacionais e estrangeiras.
Foi eleito para a cadeira 4 em 2 de Outubro de 1961.
Faleceu em Campinas a 8 de Janeiro de 1971.
Penito Burnier foi um dos responsáveis pela projeção de Campinas como grande centro oftalmológico.